Перебудова педагогічної освіти гостро ставить проблему підготовки керівних кадрів. Необхідно забезпечити освітню сферу управлінцями нової генерації. Сьогодні ефективно керувати школою може лише справжній професіонал, що володіє науковими основами управління, лідер, високоморальна людина, яка має великий авторитет у всіх учасників навчально-виховного процесу. Сучасний керівник - це не лише генератор ідей та ініціатор прогресивних технологій, але й підприємець, стратег і тактик, менеджер. Тільки такий керівник може відповідати потребам сучасної школи.

З 2001 р. у Хмельницькій  гуманітарно-педагогічній академії функціонує магістратура зі спеціальності "Управління навчальним закладом", яка забезпечує підготовку та професійне становлення майбутніх менеджерів освіти. За цей період кваліфікацію керівників навчальних закладів присвоєно 479 випускникам заочної та 518 випускникам денної форм навчання, які успішно працюють не лише в освітньому просторі Хмельниччини, а й за її межами.

З 13 січня 2020 року працює Державна екзаменаційна комісія, яка оцінює якість виконаних дипломних досліджень випускників магістратури.